La MSHE C.N. Ledoux (USR 3124) est une structure de recherche fédérative associant dans ses actions des chercheurs de plusieurs équipes mixtes CNRS/Université de Franche-Comté, des chercheurs étrangers et des chercheurs d’autres UMR et MSH organisés dans des réseaux nationaux, comme le réseau ISA (Information Spatiale et Archéologie) ou l’ex RTP MoDys (Modélisation des Dynamiques Spatiales). Depuis sa reconnaissance en 2004 par le réseau national des MSH et en 2005 par le CNRS, la MSHE développe un programme de recherches interdisciplinaires soutenu et reconnu qui se traduit depuis 2008 par le statut d’USR 3124. Le programme de la MSHE repose sur quatre pôles dont le premier « Dynamiques territoriales » associe des géographes et des archéologues dans plusieurs opérations de recherches poursuivant une collaboration antérieure initiée dans le cadre du projet européen Archaeomedes I et II (1992/1998). Ces travaux ont permis de développer des compétences spécifiques dans le domaine de l’analyse et de la modélisation spatiale envisagée sur le temps long (2500 ans) et dans une approche comparative des systèmes de peuplement, notamment à l’échelle micro-régionale. Bien que les objets d’étude privilégiés soient des entités habitats (de l’occupation temporaire à la ville) et leurs interactions (réseaux), une attention particulière est apportée à l’environnement et aux modes d’aménagement de l’espace (paysage) pour appréhender les dynamiques socio-environnementales. L’expérience de près de 20 ans de l’équipe a permis de développer des bases de données archéologiques et géographiques homogènes et solides traitées dans la plateforme technologique de la MSHE comportant : serveurs, logiciels et stations de calculs. Les concepts, les méthodes et les outils développés appartiennent aux domaines classiques de l’analyse spatiale et des SIG et s’orientent depuis 2008 vers une approche de type système complexe, notamment SMA en collaboration avec une équipe d’archéologues américains experts dans le domaine.